Чтобы разделять личные и рабочие заметки, при этом иметь возможность работать сразу со всеми заметками, можно использовать метод вложенных хранилищ Obsidian.
Для этого достаточно вложить в любую папку внутри одной базы обсидиан копию технической папки с настройками .obsidian
Папка в которую будет вложена эта директория с настройками, станет отдельным хранилищем, который можно открывать при необходимости самостоятельно.
При этом основное хранилище будет так же работоспособно.